尽管有这么多优点，但是让笨笨上船还是存在一些问题。它们得有自己的生活区——顺理成章地被称作“猴舍”。超级黑猩猩的小集体宿舍永远都是一尘不染，还配有电视机、游戏设备和事先编好程序的教学机器。为避免事故，超级黑猩猩被绝对禁止进入飞船的技术区域。通往这些区域的入口都被标为红色，笨笨受过条件反射训练，所以从心理层面上，它们就不可能闯过这些视觉樊篱。
此外，同超级黑猩猩交流也存在问题。虽然笨笨智商有六十左右，而且能听懂几百个英文单词，但是它们不会说话。不论是猩猩还是猴子，实验证明都没办法给它们装上可用的声带，因此它们说话只能用手语。
基础手语清楚易懂，所以一般交流船上所有人都能看明白。不过只有超级黑猩猩的驯养员——同时兼任餐厅管理员的麦克安德鲁斯中士——精通笨笨语。
有个流传已久的笑话说，拉维·麦克安德鲁斯中士看起来特别像笨笨——这倒不是在羞辱他，因为笨笨都长着短短的浅色皮毛，而且举止动作优雅，十分漂亮。它们还很通人性，船上每个人都有自己尤其钟爱的笨笨——诺顿船长最喜欢的是小金，名如其猴。