如果说朱元璋借微行察访，是因为他不放心老百姓，而他主持朝政那就更加不放心读书人了。因为他内心中这个“结”，总在提醒他，这些知识分子，会不会给他耍心眼，会不会跟他不合作，会不会看他的笑话，会不会出他的洋相。尤其那些有思想、有才能、有威信、有人望的知识分子，更被他视作心腹之患。朱元璋这种残暴阴刻的念头、自负褊狭的行为、猜忌怀疑的心态、与人为敌的戒惧，自然与他早年受欺压、遭摧残、被排斥而抬不起头来的成长历程有关。自然也与过去人家不把他当人对待，现在他也不将这些人当人对待，产生强烈的逆反心理有关。他对手下的这些功臣夙将、文武官员，总提防着、总戒备着、总敏感着、总介意着，甚至有点病态的神经质，而神经绷紧到一定程度就要开刀问斩。
在《国史大纲》中，钱穆分析朱元璋的这种与读书人为敌的意识形态之形成渊源时说：