事实上，无论是经济体制，还是政治体制、文化体制、社会体制、生态文明体制、党的建设制度等，都不可能孤立存在，都是整个国家体制的不同侧面或不同组成部分，都是党领导下的国家治理体系的一个局部。国家治理现代化理论特别是国家治理体系概念的提出，实现了中国改革在哲学层面、方法论层面的一次飞跃，提高到了系统论的境界。总之，过去讲全面改革，其“全面”强调各领域都进行改革，重点在“都”；而全面深化改革之“全面”，强调各领域改革是一个整体，重点在“整体”。我们现在推动全面深化改革，一方面要加强社会科学研究，更深刻、更精准地把握作为一个整体的国家治理体系的内在结构、内在规律；另一方面要在改革实践中加强各领域改革的联动和集成，实现改革的系统性、整体性、协同性。
中国的改革在理论和实践中都是一个不断深化的过程。改革之初，深化改革主要强调不同领域改革的延续和发展，推动改革目标不断得以实现，对改革深化与否的评价主要以前期改革成果为参照标准。与过去所讲的“深化”不同，现阶段深化改革主要有两方面的时代内涵，一方面，“深化”是针对改革遇到的“硬骨头”和“险滩”也就是现实困难来讲的，强调的是新阶段改革呈现出新特征。推进改革就必须敢于啃硬骨头、敢于涉险滩。习近平总书记指出中国改革已进入深水区。过去的改革，面对的是“好吃的肉”和“难啃的硬骨头”并存的局面，但随着改革进入深水区，当前我们面临的改革任务基本都是“难啃的硬骨头”，必须下大力气把它“啃”下来，才能不断推进改革成效，这在侧面上也反映了现阶段深化改革的难度不断增大。另一方面，“深化”以全面深化改革的总目标为标尺，摆脱了原先简单对照前期发展成果的认定模式，关键要看是否有利于完善和发展中国特色社会主义制度，是否有利于推进国家治理体系和治理能力现代化。比如，经济体制改革要看是否有利于使市场在资源配置中起决定性作用，这样才能正确判断改革的进度，正确评估改革的效果。