初办的时候规模很小，一百五十人中“官生”（官家子弟）占三分之二，“民生”只有五十人，后来越很发达，在明太祖时最多就到过九十多人。但实际上官僚子弟不必读书就可以做官，所以来国子监的并不多。于是又办府学县学，那里面的学生可以不经考试而保送入国子监。经过地方官吏的保送，再经过翰林院通过，才能入国子监。这种入国子监的方法，不是自愿的，而是选拔的。
讲到国子监的组织，第一个人就是祭酒，四品官，相当于今日的大学校长。另外有一个管理学生的官叫监丞，位不过八九品，但权力很大，学生犯了过失，有四种处罚，第一种是打板子，第二种是记过，再严重的就是充军。不但剥夺个人的公民权利，有时连他的全家也要充军。更严重的就要砍脑袋了。所以这个官相当于今日的训导长，只是他的职权不仅是训导学生，而且也训导先生，监督先生。
这种学校就是一个衙门。今日提倡“学校机关化，机关学校化”，那时却根本不是什么化不化的问题。他本身就是如此。
然则又念些什么书呢？根据学规：一、御治大诰，翻成现代语就是皇帝训词。二、大明律。三、汉朝留下的《说苑》，相当于今日小学内专讲修身的公民。四、四书五经。但经过朱元璋自己的研究，觉得孟子的思想很有问题，例如孟子书中有“民为贵，君为轻，社稷次之”“君视民如草芥，则民视君如寇仇”，等等，他都觉得不好。但是自己又弄不太通，便组织了一个“审察委员会”，把《孟子》删去了八十五条，剩下一百多条，另编成书。这还不算，他还把孟子的牌位从孔庙中搬出，开除了孟子的学籍。经过很多人的反对，他自己想想，孟子的书既然消了毒，他本身上大概也消了毒，让他复学算了；这才把孟子的牌位搬回孔庙，让他复了学。