差额资金管理模式下，分支行资金来源和运用，在期限和流动性上自求平衡；全额资金管理模式下，总行资金成本和收益决定分支行资金来源和运用，也就是说，分支行无论资金来源或是资金运用，只要在总行ＦＴＰ价格引导下，实现剔除成本后的利润增长即可。资金管理体制变革过程中，两种截然不同的管理体制并存，对地区存贷款市场和经济发展及产业结构调整必然产生相应的影响。
全额资金管理模式本身就存在“拉存款”、“放贷款”的利益驱动，两种资金管理模式共存更加剧了存贷市场的无序竞争。差额资金管理模式的银行“拉存款”、“放贷款”议价灵活性高，不受总行转移价格约束，部分实行全额资金管理体制的银行也可以争取总行同意，适度高于或低于ＦＴＰ价格收存、放贷。
如果两种资金管理体制在存贷市场上持续时间较长，趋利动机会导致：一是存款市场经常处于狂热追逐状态，不仅加大资金来源成本、金融机构经营成本，而且扰乱存款市场秩序，给本已严峻的资金来源形势雪上加霜；二是贷款市场上，可承受资金成本压力的银行，逐渐在市场上占领了自己的优势，避免了同质化，但扰乱了市场秩序，长期的结果就是价格无序竞争暗流涌动；三是不可承受资金成本压力的银行，特别是差额资金管理的银行还是存在利率风险和流动性风险，为了抢占市场份额，“高额拉存款”、“盲目低价放贷款”，不惜资金错配、期限错配。