综上所述，司马迁在天人关系上，他并不否认有意志的“天”的存在，但是他主要的思想倾向不是深信，而是怀疑；不是顺从，而是违抗。反映在《史记》中，所表现的二元论，讲“天命”只是表面文章，强调人事才是重点。司马迁讲“天人感应”，目的是警示国君改过自新，修德修政，做了积极的解释和运用，这方面可以看作是对董仲舒思想积极意义的继承。至于在具体地论述历史变迁和评价人物的时候，是看不到天命论的影子的。
还须指出，《天官书》中许多天象的记载只是观测记录，不讲感应。如司马迁记载了五残星、枉矢、司危、大贼星、蚩尤之旗等等天象，大多是“记异而说不书”，意思是只对天象做记载而不做解说，也就是不与人事挂钩。他甚至说：“太史公推古天变，未有可考于今者。”这句话可以说是纡曲行文的示隐。汉文帝前元十六年（前164），哈雷彗星周期性回归，不可能不见，但司马迁不著一字。司马迁不满秦始皇的暴政和汉武帝的多欲，却大量记载这两个时期的天象示警。两相对照，可以看出，司马迁利用“天人感应”资料，有选择地提炼、附会，用以表达他的政治观点，说明他的善恶倾向。这些地方更表现了他思想的进步性，又可以看作是他对董仲舒思想的扬弃。