综上所述,司马迁在天人关系上,他并不否认有意志的“天”的存在,但是他主要的思想倾向不是深信,而是怀疑;不是顺从,而是违抗。反映在《史记》中,所表现的二元论,讲“天命”只是表面文章,强调人事才是重点。司马迁讲“天人感应”,目的是警示国君改过自新,修德修政,做了积极的解释和运用,这方面可以看作是对董仲舒思想积极意义的继承。至于在具体地论述历史变迁和评价人物的时候,是看不到天命论的影子的。
还须指出,《天官书》中许多天象的记载只是观测记录,不讲感应。如司马迁记载了五残星、枉矢、司危、大贼星、蚩尤之旗等等天象,大多是“记异而说不书”,意思是只对天象做记载而不做解说,也就是不与人事挂钩。他甚至说:“太史公推古天变,未有可考于今者。”这句话可以说是纡曲行文的示隐。汉文帝前元十六年(前164),哈雷彗星周期性回归,不可能不见,但司马迁不著一字。司马迁不满秦始皇的暴政和汉武帝的多欲,却大量记载这两个时期的天象示警。两相对照,可以看出,司马迁利用“天人感应”资料,有选择地提炼、附会,用以表达他的政治观点,说明他的善恶倾向。这些地方更表现了他思想的进步性,又可以看作是他对董仲舒思想的扬弃。