嘉靖四十三年（公元1564年），流窜到广东的倭寇在惠州、潮州一带作乱，并与当地的海盗吴平连成一气，遥相呼应，声势很大。此时，官民矛盾激化，小股的反抗官府的斗争此起彼伏，大有天下大乱之势。在这种情况下，朝廷又把俞大猷调到广东，想利用他的声望和智谋来抵抗倭寇，也借此平息内乱。
俞大猷赴任后，分析了当地的情况，他认为内乱虽是由倭寇引起的，但内乱又是造成倭寇入侵的重要原因，二者互为表里。于是，他决定先平内乱，使倭寇失去内应，再捣倭贼的老巢，从而根除倭乱。由于采取了这种正确的方略，不久就取得了明显的效果。俞大猷所到之地，恩威并施，拉打结合，先后降服了伍端、兰松三、叶丹楼等强贼，使他们不敢再与倭寇里应外合，其中一些人还转变了过来，愿意为抗倭出力。俞大猷迫使大强盗头子吴平与倭寇断绝了往来，使倭寇陷入孤立无援的境地，然后一个日夜就攻克了倭寇陆地上的三个据点，并追至海上，全数捣毁了倭寇沿海据点，使倭寇失去了立足之地，无法深入内地侵扰。后来吴平复叛，再次勾引倭寇入侵，但已构不成太大的威胁。俞大猷对强盗实行了重点打击的策略，使他们和倭寇一起逃到海上，不敢再犯。