三儿子，黄万里，著名的水利学家，1937年获得博士学位，清华大学教授。1956年５月，黄万里向黄河流域规划委员会提出《对于黄河三门峡水库现行规划方法的意见》，发表于《中国水利》杂志1957年第８期。《意见》指出：“四千年的治河经验使得中国先贤千年以前就在世界上最早地归纳出了四种防洪方法：沟洫或拦河蓄水，堤工堵水，束水浚深治河，缺口疏水。另外，近四十年来，中外学者融合德国人治河的理论和经验，又积累了不少新的知识。忽视这些知识，认为有了坝就可以解决下游防洪问题，是不妥当的。”
黄万里说：“总之，‘有坝万事足，无泥一河清’的设计思想会造成历史上严重的后果。坝的功用只不过是调节流率，从而替治河创造优良的条件，决不能认为有了坝就可以治好河。”
1957年6月10至24日，国务院召集了全国70名专家，在北京讨论苏联专家已设计好的“黄河三门峡水库方案”。会上只有黄万里一人坚决反对在三门峡建坝。
他认为不能在这个淤积段上建坝，否则下游的水患将移至中游关中平原，而且河道里的泥沙起上游切割、下游造陆的自然作用，建坝拦沙让黄河清是违反自然规律，是不现实的，何况清水出库对下游河床也不利。
会上争辩七天未果，黄万里退而提出：“若一定要修此坝，建议勿堵塞六个排水洞，以便将来可以设闸排沙。”此提议达成共识通过，然而施工时，苏联专家却坚持原设计，将六个底孔堵死了。到70年代，这些底孔又以每个1000万元的代价打开。曾参与三门峡工程技术工作的一位著名教授在《自述》中坦承：“参加了导流廊道的封堵，造成水库淤积，危及关中平原，必须重新打开导流廊道，增建冲沙泄洪隧洞，减少水电装机容量，为此深感内疚，看来要坚持正确意见，还是很不容易的。”